/assets以下を全部コピーでは駄目だったようですね。
/assets/www/jsWaffle.jsだけはテンプレートで作られた新しい物を使わないと駄目なようです。
jsWaffle.jsを1.181のもので実行した所、SO-01BでCameraDiaryも動きましたし
作成中のプロジェクト(GPSRecorderをベースに拡張)でも、savedir="sdcard/〜/"に無事保存出来るようになりました。
mycomさんからダウンロードしたものがそのままで動かないのはちょっと疑問でしたが・・・
とにもかくにも、本件は解決しました。ありがとうございました。