jsWaffleは、jQureryとの併用を考慮に入れて開発しています。
また、jQueryも他のライブラリとの衝突を考慮に入れて開発されています。
つまり、どちらのライブラリを先に読み込むかで優先順位が変わります。
以下の順序でスクリプトの取り込みを行ってください!
<script type="text/javascript" src="jquery-1.6.1.min.js"></script>
<script type="text/javascript" src="jsWaffle.js"></script>