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当方IS05でもどうもうまく動かなかったのですが、別のインテント設定で動作しましたので、（時間があまり無く手抜きなソースになりますが）お試しください。
/src/com/kujirahand/jsWaffle/utils/IntentHelper.javaの48行目あたりの「sms:だったら～」等の各条件と同列に、以下を追加してください。
------ ここから ------
else if(url.startsWith("smsto:")){
String[] urls = url.split("\\?");
Uri smsUri = Uri.parse(urls[0]);
Intent intent = new Intent(Intent.ACTION_SENDTO, smsUri);
if(urls.length == 2){
String[] extras = urls[1].split("=");
if(extras[0].equals("body")){
intent.putExtra("sms_body", extras[1]);
}
}
appContext.startActivity(intent);
}
------ ここまで ------
あとは、
droid.startIntent("smsto:090xxxxxxxx?body=本文");
で起動できます。
IS05とエミュレータでは確認してあります。