作者ではないので、一次解答として捉えていただければと思いますが、jarにして自分で使用する分には特に問題ありません。 他人に配布する場合でも、元々のjsWaffleについては当然MITのままですが、自分で作成・改変した部分のライセンスは任意ですし、ソースの開示義務もありません。 なので、特に気にせず使用して構わないと思います。 最後に、私の言ったことは真に受けず、詳しくはWikiなりグーグルなりでいくらでも説明されていますので、是非調査してください。