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jsWaffle自体はそもそもモジュールを生成するairのプログラムになるので、そこから生成されたモジュールもMITなのか？というあたりの難しい側面もあり、色々な解釈があるとは思いますが、
「複製または重要な部分」
というのは、ソースに書けるなら複製に書いて、書けないなら（バイナリで配布する場合等）別の部分（これを重要な部分と表現している）に書いてくださいね、ということのようです。
バイナリでも配布できるという側面からこういったよくわからない表現がされていると思うのですが、そもそも複製物をMITで配布する必要性もないので、俺的ライセンスで配布する場合はこれに従う必要性も無いわけです。
ともあれ、基本は作者様の一声が全てだと思いますが＾＾；
ご参考まで。