こんばんは。
すみません。
外部のウェブページからアプリを呼び出す方法がない?というか私も知りたいです。
そのため、応急措置として外部サイトのページを開くときに <a>のリンク要素を使うときに、新しいウィンドウを開く設定を使い、新しくウィンドウを開いて、そこに表示させたいページを表示する作戦で代用できるかもしれません。
<a href="#" target="_blank" >hoge</a>
アプリ内で別のアプリを呼び出すことは、Activityを使うと出来るのですが、外部のウェブサイトから、Android内部のアプリを呼び出す方法は・・・ まだ私も知らないのです。
jswaffleはHTMLでアプリを製作できますので、どうしてもウェブサイトをローカルで表示しているように思いがちですが、実際は、Androidアプリなので、ウェブサイトとは違います。
そのため、手順としてウェブサイトからAndroidの中にある指定のアプリを起動する方法を調べた方が良いと思います。