こんにちは。
他のアプリやHOME画面のスナップショットを撮影しようとする場合は、常駐のアプリを作る必要があると思います。
スナップショットを撮影する画面(Activity)を指定すると、可能だと思います。
jswaffleは、ウェブページの技術を使いアプリの中にあるブラウザで表示できるエリアを使ってアプリの動きや表示を行っています。
そのため、プラグインのソースの webview
関連の当たりを実際に表示されているActivityに対応させる必要があると思います。
Activityを指定する方法は、調べないといけないですが、アプリの動きは、下記のページが参考になると思います。
http://www.atmarkit.co.jp/fsmart/articles/android07/android07_1.html