Javaで作るプラグインのサンプルが、 src/com.kujirahand.jsWaffle.plugins にたくさんあります。 例えば、 ABasicPlugins.javaには、logを出力する log 命令などがあります。 普通に、Javaの関数を定義して、関数の引数にデータを渡すと良いでしょう