これは、最近のバージョンアップで、jsWaffleの新しいバージョンのAndroidプロジェクトを読めるよう変更したのが問題だと思われます。 こちら、さらに原因を詳しく調べてみますが、それまでの間、以下の方法で回避してみてください。 一つの方法は、以前作成したプロジェクトをコピーして利用する方法と、もう一つは、最新のEclipseをインストールして、最新のjsWaffleを利用する方法があります。