お返事どうも、ありがとうございます。
Aptana3 にせよ、Eclipse にせよ Android Application Project のひな形を作ることはできるので、
jsWaffle → Eclipse(or Aptana3) ではなくて、Eclipse(or Aptana3) → jsWaffle の順番にひっくり返してみたらどうか?と思い Android Application Project のひな形を作ってから、できたフォルダを指定して jsWaffle で上書きしようと思ってやってみたのですが、Already exist OutputDir. のエラーになりました。
手順として、Eclipse(or Aptana3) で Android Application Project ひな形を作ってから、jsWaffle で内容を置換え+必要なものの配置が、ボタン一発でできればいいんじゃないかな?と思いました。
どうぞ、よろしくおねがいいたします。