同じく、マニュアルと同じプロジェクトが見当たらなかったため、適当にいじっていたのですが、Android Project from Existing Codeでできていますよ。
ルートディレクトリにjsWaffleで作成したプロジェクトのパスを選択し、完了を押せばたいていうまくいきます。
初めは上手く行かなかったのですが(みなさんと同じくエラー)、いろいろチェックをオン・オフしたりしていたら出来るようになりました・・・
参考にならないと思いますが、一応報告。
まだコンパイルして配布、までは試してないのでわかりませんが、実機でのデバッグは問題なく行えてます。