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私の場合、canvasのtoDataURLメソッドでbase64エンコードされたデータ（文字列）を取得し、これをプラグイン（自作）に渡して保存するようにしています。
プラグインでは受け取ったデータをbase64デコードでバイナリに戻してファイルに書き込んでいます。
尚、toDataURLメソッドで得られるデータの先頭には画像データとして不要な情報（pngの場合なら"data:image/png;base64,"）が含まれているので、プラグインに渡す前（JavaScript）かプラグイン側でデコードする前に除去する必要があります。