Eclipseを4.2を新しくインストールして試しました。
Android SDKも最新版をインストールしました。
そして、既存コードからのAndroidプロジェクトを選択して、jswaffleの最新版のテンプレートを読み込んだところ、添付した画像の位置のソースでエラーが出ています。
赤いエラーなので、実行できずエラーになります。
取り急ぎ、状況をお知らせします。
http://d.aoikujira.com/jsWaffle/tasukeai/attach/377-hokoku1.jpg