jQueryMobileは、けっこう重くって、Android1.6の時代には、選択しとして外すこともありました。
しかし、Android4.xを搭載するマシンでも遅いですか?
考えにくいですね。
jsWaffleを使ったネイティブアプリではなく、
Androidの標準ブラウザで、同じプログラムを動かすとどうなるでしょうか?
それでも遅かったら・・・残念という感じですが、標準ブラウザで早くて、jsWaffleで遅かったら、リンク遷移時の処理が問題になっていますので、対処したいと思います。ぜひ、テスト結果をおきかせください。