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権限も書き換えているのも確認しました。
DDMSを見るもエラーは見られませんでした。
今更ですけど、HTMLのソースコード載せます。
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta charset="utf-8">
<script type="text/javascript" src="jsWaffle.js"></script>
<script>
function dice(){
var r=Math.floor(Math.random()*6)+1;
alert(r);
}
droid.watchShake(dice);
document.onclick=dice;
</script>
</head>
<body>
<h1>シェイクでサイコロ</h1>
</body>
</html>