筆者の端末(Galaxy S)では、問題なくマルチタッチが行われています。
何が問題でしょうか。
念のため、プロジェクトのプロパティを表示して、Androidの項目をクリック、対応SDKをAndroid2.1以降に設定して試してみてください。
編集部でもXPeriaでチェックしてくれたので、XPeriaが問題というわけではなさそうです。
ちなみに、alert()を使うと、そこで処理が止まってしまうので、
シングルタッチの時点でダイアログが表示されてしまうでしょう。
そこで、droid.log()を使って、DDMSにデバッグ出力させてみると良いかもです。
http://d.aoikujira.com/jsWaffle/wiki/index.php?%E3%83%9E%E3%83%8B%E3%83%A5%E3%82%A2%E3%83%AB%252F%E3%83%AD%E3%82%B0%E3%81%AE%E5%87%BA%E5%8A%9B