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もとの投稿者ではないですが。
もとからeclipseを使っていたので、jsWaffleをつかったプロジェクトを作ろうとワークスペースのフォルダを指定すると、そこをまっさらにして、そこを直接プロジェクトフォルダにしてしまいます。
その結果、それまでワークスペースにあったプロジェクトがみんな消えてしまいました。ワークスペース内にプロジェクトを作るときは、そこに新規のフォルダを作って、それを指定しなければならないのですね。
不注意といえば不注意なのですが、消えてしまったプロジェクトはゴミ箱（於：Windows）にもないし、そのときはちょっと顔面蒼白になりました。
eclipseの標準的なプロジェクトの作り方だと、ワークスペース内に、プロジェクト名のフォルダを作ってくれるので、なんとなくそういうものだと勘違いすることはあるんじゃないかと思います。