意見感想で niさんも書かれていますが、同じ現象が起きます。
こちらは prompt() を使ってますが、アプリ起動中にBackボタンでアプリを閉じて、2回目の起動以降はpromptが開かなくなります。confirm だと「file://〜」になります。
DDMS Perspective にはエラーが出てるんですが、よくわかりません。
WARN/WindowManager(52): Attempted to add application window with unknown token HistoryRecord{44d64868 com.test.aplname/.aplname}. Aborting.
DEBUG/jsWaffle(228): [DialogError]Unable to add window -- token android.os.BinderProxy@44e40e18 is not valid; is your activity running?
バージョンは 1.179 です。
Android 2.1-update1 - API Level 7 で動かしてます。