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jswaffleで新規プロジェクト作成したら、フォルダに元からあったファイルが全部消えた。
jsWaffleでは、全くファイルの削除を行いません。
別の原因ではないでしょうか？
念のため、コードを調査してみますので、
もう少し詳しい情報（OS、PCの機種・型番、インストール時の状況など）を教えてください。
もとの投稿者ではないですが。
もとからeclipseを使っていたので、jsWaffleをつかったプロジェクトを作ろうとワークスペースのフォルダを指定すると、そこをまっさらにして、そこを直接プロジェクトフォルダにしてしまいます。
その結果、それまでワークスペースにあったプロジェクトがみんな消えてしまいました。ワークスペース内にプロジェクトを作るときは、そこに新規のフォルダを作って、それを指定しなければならないのですね。
不注意といえば不注意なのですが、消えてしまったプロジェクトはゴミ箱（於：Windows）にもないし、そのときはちょっと顔面蒼白になりました。
eclipseの標準的なプロジェクトの作り方だと、ワークスペース内に、プロジェクト名のフォルダを作ってくれるので、なんとなくそういうものだと勘違いすることはあるんじゃないかと思います。
了解です。空白ディレクトリでないと、プロジェクトを生成しないように修正しました。
http://d.aoikujira.com/jsWaffle/wiki/index.php?%E3%83%80%E3%82%A6%E3%83%B3%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%89
事例検索で来ました。
格納されていたディレクトリも全て消えるということで、
かなりインパクトがでかかったです。
# 泣きそうです
Topページで更新を促していただければ、自分のような不幸な人を産まずにすむかと思います。
ご検討ください。